W biologii słowo „ewolucja” ma różne znaczenia – o nielosowej ewolucji (zmienności w ramach normy reakcji na środowisko). „Śmieciowe DNA” czy molekularna „ciemna materia”? Adaptacyjne mutacje synonimiczne, funkcjonalne pseudogeny, konwergencja molekularna. O tym, jak się nie powinno argumentować na gruncie nauki – konkretne przykłady!

Tutaj jest więcej na pokrewny temat:

Nielosowe mutacje w gorących miejscach mutacyjnych, mechanizmy epigenetyczne – ewolucja w super-tempie! O nowej syntezie ewolucyjnej

https://pl.wikipedia.org/wiki/Mutacja_cicha

„Mutacja synonimiczna to zmiana pojedynczego nukleotydu w genie (mutacja punktowa) nie powodująca zmiany aminokwasu w kodowanym białku ze względu na to, że kod genetyczny jest zdegenerowany, czyli jeden aminokwas może być kodowany przez kilka kodonów (np. zmiana CCC na CCU nie powoduje zmiany aminokwasu, gdyż obie trójki kodują prolinę). Wydaje się, że w niektórych przypadkach, jeśli zmiana następuje z kodonu preferowanego na rzadki, może to wpłynąć na szybkość syntezy białka, a to z kolei na szybkość jego zwijania, a zatem na jego strukturę przestrzenną, co może mieć wpływ na fenotyp.”

Dowody na adaptacyjne podstawienia synonimiczne, jako wyniki eksperymentalnych ewolucji drobnoustrojów
Susan F. Bailey, Luz Angela Alonso Morales , Rees Kassen Genome Biology and Evolution , tom 13,

wydanie 9, wrzesień 2021

„Często się zakłada , że mutacje synonimiczne są neutralne pod względem dostosowania do wymagań środowiska, ponieważ nie zmieniają kodowanego aminokwasu, a zatem nie mogą być „zauważone” przez dobór naturalny.

Jednak coraz więcej dowodów każe wnioskować, że mutacje synonimiczne mają wpływ na dostosowanie za pośrednictwem ewolucji adaptacyjnej, poprzez wpływ mutacji synonimicznych na ekspresję genów i fałdowanie białek.

W niniejszym artykule dokonujemy przeglądu tego, czego przeprowadzane przez licznych badaczy eksperymenty mikrobiologiczne nauczyły nas o roli i zaangażowaniu mutacji synonimicznych w mechanizmy adaptacyjne.

Przegląd opisanych w literaturze naukowej eksperymentów z mutagenezą ukierunkowaną ujawnił, że rozkłady efektów dostosowania dla mutacji niesynonimicznych i synonimicznych są bardziej do siebie podobne – szczególnie w przypadku mutacji korzystnych – niż się spodziewali biolodzy przekonani o neutralnym charakterze mutacji synonimicznych. Z tych korelacji wynika, że rola i zakres wkładu mutacji synonimicznych w możliwości adaptacyjne organizmów są częstsze niż by to wynikało z wcześniejszych obserwacji.

Ważny, merytoryczny Wstęp metodologiczny dla zwolenników neo-darwinowskiej wizji ewolucji, jak i dla poszukiwaczy śladów inteligentnego projektu w biologii. Jedni i drudzy posługują się jednakowym aparatem poznawczym (programem badawczym)!

ISTOTA PROGRAMU BADAWCZEGO, KTÓRYM POSŁUGUJĄ SIĘ ZWOLENNICY NEODARWINOWSKIEJ WIZJI EWOLUCJI I BADACZE IDENTYFIKUJĄCY ŚLADY INTELIGENTNEGO PROJEKTU W BIOLOGII

Zwolennicy neo-darwinowskiej wizji ewolucji oraz inteligentnego projektu w biologii posługują się tym samym aparatem poznawczym. O tym czym jest założenie (hipoteza), a czym teoria naukowa. Kim są biolodzy doświadczalni i jakie zadania stawiają przed sobą biolodzy teoretyczni. Czym jest funkcja a czym jej geneza. Niniejszy tekst jest wstępem do tego artykułu. Kiedy się połączy obie argumentacje; hipotetyczną z opartą na twardych faktach biologicznych, to czar neo-darwinowskiej wizji wygenerowania oszałamiającej różnorodności i złożoności życia pęka i pryska, jak bańka mydlana:

Spór o nieredukowalną złożoność kaskady krzepnięcia krwi

Mało kto ze zwolenników teorii inteligentnego projektu w przyrodzie, nawet z pośród naukowców zgromadzonych przy Discovery Institute, potrafi testować założenia (hipotezy) darwinistów, przy zastosowaniu jedynie dostępnego na rynku naukowym neodarwinowskiego programu badawczego. Żeby to umieć robić należy dobrze rozumieć zakładane mechanizmy neodarwinowskiej ewolucji – w wyniku losowych mutacji korzystnych [np. duplikacji i punktowych] selekcjonowanych przez dobór naturalny:

Spór o nieredukowalną złożoność kaskady krzepnięcia krwi

Od gąsienicy do motyla – cudowny proces holometabolii

Udostepniam w wersji natywnej za zgoda autorki – polecam!

wersja do odsłuchania

Niegdyś człowiek marzył o tym aby wzbić się do lotu niczym ptak, aby spełnić to marzenie potrzebował skonstruować skomplikowane maszyny. Istnieją jednak stworzenia, które chociaż zaczynają swoje życie nie posiadając możliwości lotu, jednak zyskują tą umiejętność w sposób naturalny. Dzięki instrukcją zawartym w ich DNA przechodzą zadziwiającą metamorfozę, nazywaną holometabolią. W tym artykule opiszę ją dla was, na końcu natomiast znajdziecie kilka ciekawych linków do filmów z przedstawionym tym procesem, piosenkę edukacyjną, oraz coś dla dzieci, instrukcję jak poprzez kreatywną zabawę mogą się uczyć o motylach, zapraszam do czytania.

Muszę to pokazać: fan Richarda Dawkinsa – coś do Latającego Cyrku Monthy Pytona! O nieopierzonych głosicielach myśli Darwina na youtube i tych opierzonych.

ISTOTA PROGRAMU BADAWCZEGO, KTÓRYM POSŁUGUJĄ SIĘ ZWOLENNICY NEODARWINOWSKIEJ WIZJI EWOLUCJI I BADACZE IDENTYFIKUJĄCY ŚLADY INTELIGENTNEGO PROJEKTU W BIOLOGII Zwolennicy neo-darwinowskiej wizji ewolucji oraz inteligentnego projektu w biologii posługują się tym samym aparatem poznawczym. O tym czym jest założenie (hipoteza), a … Czytaj dalej →

Ważny, merytoryczny Wstęp metodologiczny dla zwolenników neo-darwinowskiej wizji ewolucji, jak i dla poszukiwaczy śladów inteligentnego projektu w biologii. Jedni i drudzy posługują się jednakowym aparatem poznawczym (programem badawczym)!

Które obrazki pomagają lepiej zrozumieć argumentację Allena Orra i Michaela Behego? Jest też na temat rzekomych neodarwinowskich dowodów na ewolucję kaskady krzepnięcia krwi i na to, że ten system jest redukowalnie złożona

Michael Behe po mistrzowsku rozpracował tego typu paplaninę! Jest też na temat rzekomych neodarwinowskich dowodów na ewolucję kaskady krzepnięcia krwi i na to, że ten system jest redukowalnie złożona! 🙂

https://wp-projektu.pl/przedruki/teksty-krytyczne/h-allen-orr/ponownie-darwinizm-kontra-inteligentny-projekt-filozoficzne-aspekty-genezy-2004-t-1-s-33-48/?unapproved=178&moderation-hash=4b842f47c47fadf6960ca2ac3566f0c2#comment-178

Uczyniłem tekst bardziej przejrzystym. Tłumacze na przykładzie elementów silnika bakteryjnego, ale mogę podstawić każde białko każdego innego złożonego kompleksu molekularnego:

Wolna wola u człowieka a socjobiologia („psychologia” ewolucyjna)

Abiogeneza: najpierw RNA, najpierw metabolizm czy najpierw białka?

„Bardzo stronniczy pogląd na paleoantropologię” – podsumowanie

Homo: naledi, florensis, erectus, ergaster to Homo sapiens! Dowodzą tego między innymi ostatnie badania mózgów tych wymarłych ludzi

Czy istnieją naukowe dowody na ewolucję waleni od zwierząt lądowych? Czy istnieją fakty potwierdzające istnienie nowego drzewa filogenetycznego ptaków? Czy ptaki pochodzą od dinozaurów?

Ilu „stypendystów” i innych pismaków z En Arche jest w stanie napisać tekst na tym poziomie? Może pani prezes potrafi coś więcej niż próby przekupywania naukowców podarunkami w postaci mikroskopów? 🙂

Japońscy rybacy złowili delfina z tylnymi pletwami, Szczątkowe kończyny u waleni w dalszym ciągu pełnią funkcję – pomoc w kopulacji

Darwiniści są zabawni. Złowiono delfina z tylnymi pletwami, a oni twierdzą, że są to pozostałości nóg. Według darwinowskiego scenariusza płetwy u waleni powstały na drodze preadaptacji kończyn pierwotnie służących do lądowej lokomocji.

Nieredukowalna złożoność = silna, negatywna epistaza! :)

Michael Behe to jeden z najlepszych biologów teoretycznych [ewolucyjnych] w naszych czasach. To nie bakteriolog typu PZ Myersa, dziennikarz rodzaju Dawkinsa czy genetyk populacji w typie Jerry Coyne’a. To wytrawny znawca ewolucjonizmu molekularnego, specjalista od struktury białek i prawdziwy naukowiec. Np. tutaj jest jego rewelacyjna praca z dziedziny biologii ewolucyjnej opublikowana w porządnej literaturze naukowej;

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2286568/

Jego wnioski o nieredukowalnej złożoności systemów biologicznych nie są wynikiem chciejstwa, tylko gruntownej analizy naukowej przy zastosowaniu tego samego aparatu poznawczego (teoretycznego), którym posługują się wszyscy inni biolodzy teoretyczni. Behe’ego można spotkać na każdej znaczniejszej konferencji poświęconej biologii ewolucyjnej. Jeżeli ktoś nie rozumie dlaczego mówimy o nieredukowanych sieciach genetycznych, to proszę poczytać, co pod inną nazwą niż nieredukowalna złożoność twierdzą sami darwiniści.

Autorzy artykułu w wikipedii bardzo się starali utopić istotę konsekwencji dla neodarwinizmu – fakt powszechnego występowania nieredukowalnej złożoności w biologii molekularnej i w efekcie wyszedł im niezły bełkot. To mieszanie genetyki populacyjnej z ewolucjonizmem molekularnym przypomina mieszanie wody z olejem. Dlatego też bardzo łatwo można odcedzić istotę problemu ukrywaną w słowotoku, zaprawionym różnymi sztuczkami retorycznymi, jaką jest fakt istnienia nieredukowalnej złożoności systemów biochemicznych. Jak zwał, tak zwał: nieredukowalna złożoność, czy silna negatywna epistaza, zawsze negatywna dla tendencyjnych „wyjaśnień” od których w tekście się roi oraz dla możliwości stopniowej ewolucji złożonych z wielu nierozerwalnie zintegrowanych i dopasowanych części maszyn molekularnych 🙂

Nielosowe mutacje w gorących miejscach mutacyjnych, mechanizmy epigenetyczne – ewolucja w super-tempie! O nowej syntezie ewolucyjnej

Gorące miejsca mutacyjne, to takie, w których mutacje zachodzą częściej niż w innych. Efekt może być  indukowany czynnikami środowiskowymi. W przypadku mechanizmów w ramach normy reakcji na środowisko proces jest kontrolowany i ograniczany do konkretnych sekwencji w genomie. U koronawirusa SARS-CoV-2:

https://translational-medicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12967-020-02344-6

Subtelne i niezbędne dopasowania w biologii molekularnej

https://www.dwieksiegi.pl/jak-ewolucja-tlumaczy-zlozonosc-zycia-na-ziemi.html

[…..]

1. Powyżej zamieściłem cytat z artykułu, z którego treścią będę dyskutował w niniejszym tekście. Brakuje w nim odnośników do prac naukowych, z których korzystał autor, ale znalazłem te artykuły, bo cytaty brzmią ciekawie, ale wnioski, jakie wyciągnął na ich podstawie uznałem za niezgodne z rzeczywistością, sprzeczne z moim doświadczeniem! 🙂

2. Od dawna wiadomo, że maszyny molekularne zachowują się, jak transformersi, dlatego na bazie tych samych genów może powstać ich wiele. Istnieje nawet osobny program badawczy w celu ustalenia ile. Do modyfikacji (transformowania) jednych maszyn biochemicznych w inne, ich struktur, np. domen pozwalających na komplementarne połączenie poszczególnych białek w nowe kompleksy potrzebne są inne białka pomocnicze, czy modyfikujące, które powstają w wyniku ściśle regulowanego procesu. Podobne zjawisko występowania maszyn-transformersów odkryto u drożdży, nic dziwnego że w biologii odkrywa się podobne przypadki u innych gatunków organizmów. Proszę, oto streszczenie pracy naukowej z 2006 roku:

 https://www.embl.de/aboutus/communication_outreach/media_relations/2006/060122_heidelberg/

Procesy te, polegające na możliwości przebudowy własnych struktur przez komórki nazywa się naturalną biotechnologią komórkową, lub jednym z procesów w ramach normy reakcji na środowisko.

3. W odpowiedzi na krytykę genetyka populacji i darwinisty Jerry’ego Coy’nea Michal Behe zwrócił uwagę na inny problem w tym kontekście, bo jak się schodzi w dół rzekomej drabiny filogenetycznej, to w końcu spotyka się nieredukowanie złożone protomaszyny, które musiały być obecne u LUCA – mitycznego, (bo sfalsyfikowanego) oraz uniwersalnego wspólnego przodka:

Helikazy DNA u bakterii, Archeonów i eukariotów są NIEhomologiczne!

Helikazy DNA u bakterii, Archeonów i eukariotów są niehomologiczne! Zatem jak mogą pochodzić od uniwersalnego, wspólnego przodka? Archeony różnią się diametralnie nie tylko od bakterii właściwych, ale ponadto od eukariotów:

Dziedziczenie epigenetyczne u Archea!

Fototransdukcja – czy istnieje darwinowski przepis na ewolucję oka?

O tym jak biolog ewolucyjny doktor Bartosz Borczyk mówił o komputerowej „symulacji ewolucji oka” Nilssona i Pelgera, nie wiedząc o czym mówi!

Był czas, że wiedziałem o biologii mało. Był też taki że dość dużo, ale znacznie mniej niż obecnie. Teraz jest czas, że wiem mniej niż będę wiedział za tydzień, rok, czy pięć lat -o ile dożyję, bo w tym świecie więcej sposobów jest na umieranie niż na przeżywanie 🙂 Człowiek uczy się całe życie! Jednak zawsze wychodziłem z założenia, że jak się chce krytykować jakąkolwiek koncepcję naukową, to najpierw należy się dokładnie zapoznać z przeciwną argumentacją. Niestety wielu biologów ewolucyjnych – za takich się przynajmniej podają – nie czuje potrzeby zapoznania się nie tylko z opiniami przeciwników, ale nawet z argumentacją czołowych biologow ewolucyjnych. Jednym z takich fachowców” od ewolucji jest doktor Bartosz Borczyk:

„Samolubny gen” prof. Richarda Dawkinsa czy „Samolubne geny” prof. Pawla Golika?

Z Fundacją En Arche mamy jedyny wspólny mianownik – nie lubimy zachowań profesora Pawła Golika! 🙂 Biologia teoretyczna (ewolucyjna) jest dobrym, uniwersalnym programem badawczym. Posługują się nim darwiniści i zwolennicy ID, ale wyciągamy różne wnioski. Od jakiegoś czasu, po mozolnym procesie obalania na podstawie dowodów tego, co zostało przyjęte bez dowodów pada jedna darwinowska ikona po drugiej. Tym razem nie dało się już dłużej reanimować koncepcji Samolubnego Genu Richarda Dawkinsa. Ma to ogromne konsekwencje dla darwinizmu, bo ta książka jest zlepkiem podstawowych koncepcji, na których opiera się tzw. syntetyczna teoria ewolucji (nowy neodarwinizm). Autorem tych hipotez nie jest Dawkins, tylko tytani biologii ewolucyjnej: John Maynard Smith, Hamilton, Edwards i inni:

O pochodzeniu zachowań altruistycznych u ludzi i zwierząt

Antoni Hoffman w przedmowie do Ślepego Zegarmistrza Dawkinsa:

On ubrał wszystko w piórka własnego nazewnictwa w stylu wprawnego gawędziarza przelał wszystko na papier używając dobrego pióra. Na pogrzebie hipotezy głównym mówcą był profesor Golik. Stwierdził, że zostają z nami podstawy: mutacje i dobór naturalny, który w jakiś sposób oddziałuje na geny nie gen. Że osobiście jest przekonany: za 20, 30, 40 lat będziemy wiedzieć więcej 🙂 Myślałem, że nauka bazuje na tym co wiemy a nie czego się być może dowiemy w przyszłości 🙂

Skąd transport pęcherzykowy w chloroplastach? Na bezdrożach hipotezy endosymbiozy

Wstęp: hipoteza endosymbiozy i endosymbiozy seryjnej

Według hipotezy endosymbiozy Lynn Margulis organelle odpowiedzialne za produkcję energii ATP w komórkach eukariotycznych: mitochondriach czy chloroplastydach są potomkami symbiotycznych bakterii. Hipoteza ta jest uzupełniana innymi podhipotezami. Np. bakterie posiadają błonę komórkową i ścianę a przestrzeń między nimi nazywa się peryplazmą. Mitochondrium nie posiada ściany komórkowej, ale za to jest otoczona dwoma błonami, w wyniku czego pomiędzy nimi powstaje podobna przestrzeń. Skąd się wzięła ta druga błona skoro bateria, rzekomy przodek mitochondrium, otoczona była tylko jedną? Zwolenicy pomysłu endosymbiozy, tłumaczą to tzw. endosymbiozą seryjną: bakteria wniknęła do przodka eukariota i weszła z nim w symbiozę, następnie ten protoeukariot został połknięty przez większego protoeukariota, wszedł z nim w symbiozę i zaczął się stopniowo redukować aż pozostała po nim jedynie ta druga błona.

O formie i kształcie – krytyka „teorii” nie-inteligentnego projektu w biologii

O formie i kształcie – wszystkie organizmy są idealnie zaprojektowane do warunków, do których zostały przeznaczone:

https://www.lindahall.org/darcy-wentworth-thompson/

Ervin Laszlo napisał swego czasu książkę „Systemowy Obraz Świata” (PIW, Warszawa, 197, tutaj można ją ściągnąć  . Zacytuję z tej książki mały fragment, następnie poruszę bardzo ważną kwestię, która powinna dać do myślenia wyznawcom tzw.: „nie-inteligentnego projektu w przyrodzie”: https://www.amazon.com/Systems-View-World-Holistic-Complexity/dp/1572730536

Laszlo napisał:

„(….)Ewolucja, mogłaby równie dobrze przybrać wiele innych, określonych postaci, nie ma bowiem nic koniecznego w istnieniu np. gatunku zwanego homo sapiens. Jednakże liczne postacie, które mogłyby przybrać (i które być może przybrała) w przepastnych rejonach Kosmosu, nie mogą zawierać form sprzecznych z określonym ogólnym kierunkiem rozwoju. Bez względu na to, poprzez jakie formy miałaby się zrealizować , jest niepodobieństwem by zaprzestała dążenia ku porządkowi i integracji złożoności i zindywidualizowaniu. Pewien plan zatem istnieje, ale nie jest to plan powzięty z góry. Wytycza on główne szlaki, przypadek zaś wybiera jedną z alternatywnych dróg, na której plan zostanie zrealizowany. Istnieje więc cel nie realizowany niewolniczo i swoboda bez anarchii.”

Czy ludzie naprawdę rodzą się z atawizmami w postaci prawdziwych ogonów?

Kość ogonowa u ludzi nie posiada stałej/ustalonej liczby kręgów . „Kość guziczna [ogonowa] http://pl.wikipedia.org/wiki/Kość_guziczna (łac. os coccygis, ang. coccyx) to końcowy odcinek kręgosłupa człowieka, złożony z trzech do pięciu (zwykle czterech) zrośniętych ze sobą kręgów guzicznych (ogonowych, rzekomych), z których największy jest pierwszy (C1). C1 zawiera wyrostki stawowe służące do połączenia z kością krzyżową. Pozostałe kręgi zbudowane są tylko z trzonów. Część ogonowa kręgosłupa nie spełnia funkcji dźwigania ciężaru tułowi”.

O stworzeniach, które wystąpiły przeciwko ewolucyjnemu Prawu Dollo – wsteczna ewolucja, czy mechanizm w ramach normy reakcji na środowisko?

http://pl.wikipedia.org/wiki/Prawo_Dollo „Struktura czy też organ utracony w procesie ewolucji nie pojawi się ponownie w linii organizmów, których przodkowie organ ów utracili. Wśród zwierząt znanych jest co najmniej kilka przykładów łamiących to prawo (choć nie wszyscy autorzy się z tym zgadzają), np. ponowne wykształcenie zębów żuchwowych u żab z rodzaju Gastrotheca przed 5–17 mln lat, po tym, jak płazy bezogonowe utraciły zęby żuchwy przed co najmniej 230 mln lat.”.

Drzewo ewolucyjne ścięte!

Panie i Panowie, to już oficjalne: wielkie uniwersalne drzewo filogenetyczne, drzewo definiujące pokrewieństwa wszystkich organizmów, idzie na podpałkę. Zwaliło się łamane sprzecznościami i niekonsekwencjami, ścięte bezwzględną piłą negatywnej argumentacji. I pomyśleć, że wmawiano nam, że jego istnienie jest dowiedzione równie dobrze, jak teoria grawitacji. Ogłoszenia tej nowiny podjął się „New Scientist”.

Pseudogeny: Pseudo-funkcjonalne czy kluczowe regulatory w zdrowiu i chorobie?

„Pseudogeny od dawna są określane jako „śmieciowe” DNA, nieudane kopie genów, które powstają podczas ewolucji genomów [lub takie, które po awarii wyłączają całe sieci genetyczne – np. te, które rzekomo przyczyniły się do utraty zębów u ptaków czy mrówkojadów].

Jednak ostatnie wyniki badań podważają ten pseudogenizm; w rzeczywistości niektóre pseudogeny wydają się mieć potencjał do regulowania swoich kodujących białka kuzynów [genów]. Dalekie są od bycia cichymi reliktami, wiele pseudogenów ulega transkrypcji do mRNA, niektóre wykazują specyficzny wzór aktywacji w tkankach.
Transkrypty pseudogenów mogą być porzetwarzane w krótkie, interferujące RNA, które regulują ekspresję kodujących genów, poprzez szlak RNAi.

W innym niezwykłym odkryciu wykazano, że pseudogeny są zdolne do regulowania supresorów nowotworowych i onkogenów, działając jako wabiki mikroRNA. Odkrycie, że pseudogeny często ulegają deregulacji podczas progresji nowotworu, gwarantuje dalsze badanie prawdziwego zakresu funkcji pseudogenów.

Genom ludzki, podobnie jak u innych ssaków, jest zaśmiecony różnorodnymi powtarzającymi się elementami i niekodującymi genami. Jednym z takich elementów jest pseudogen, zaburzone mutacjami punktowymi i pocięte delecjami odwzorowanie oryginalnego genu kodującego białko, który utracił zdolność do wytwarzania funkcjonalnego białka. Ponieważ nie kodują białek, często zakłada się, że pseudogeny są niefunkcjonalne i zaliczane do „śmieciowego DNA”.